====== TP: Tests multiples ======


Télécharger les données: [[http://strimmerlab.org/data/hedenfalk.rda.gz]]

<code>
load("hedenfalk.rda.gz")
ls()
hedenfalk.mutation
str(hedenfalk.genedescription)
str(hedenfalk)
</code>

  * Créer un vecteur des p-values des 3226 gènes pour le test de Student

==== Contrôle du FWER ====


  * appliquer la méthode de Bonferroni pour contrôler le FWER au niveau 10%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
  * idem en incorporant l'estimation de pi0 par la méthode de Storey. Comparer les résulats.
  * idem avec les méthodes de  Sidak, Bonferroni-Holm.  Comparer les résulats.

==== Contrôle du FDR ====


  * appliquer la méthode de Benjamini-Hochberg pour contrôler le FWER au niveau 20%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
  * idem avec la méthode de Benjamini-Hochberg et la méthode de Storey.  Comparer les résulats.