TP: Tests multiples

Télécharger les données: http://strimmerlab.org/data/hedenfalk.rda.gz

load("hedenfalk.rda.gz")
ls()
hedenfalk.mutation
str(hedenfalk.genedescription)
str(hedenfalk)

• Créer un vecteur des p-values des 3226 gènes pour le test de Student

• appliquer la méthode de Bonferroni pour contrôler le FWER au niveau 10%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
• idem en incorporant l'estimation de pi0 par la méthode de Storey. Comparer les résulats.
• idem avec les méthodes de Sidak, Bonferroni-Holm. Comparer les résulats.

• appliquer la méthode de Benjamini-Hochberg pour contrôler le FWER au niveau 20%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
• idem avec la méthode de Benjamini-Hochberg et la méthode de Storey. Comparer les résulats.