Le projet consiste à présenter le papier suivant:

Should We Abandon the t-Test in the Analysis of Gene Expression Microarray Data: A Comparison of Variance Modeling Strategies Jeanmougin, M. and de Reynies, A. and Marisa, L. and Paccard, C. and Nuel, G. and Guedj, M. PLoS ONE Vol. 5 No. 9 pp. e12336 http://dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0012336

en vous appuyant partiellement sur des résultats de simulation que vous aurez réalisé vous même.

Les 5 groupes travailleront à reproduire des résultats distincts:

• groupe 1: t-test et données spike in
• groupe 2: SAM et données simulées
• groupe 3: Wilcoxon et données simulées
• groupe 4: t-test et données simulées
• groupe 5: Limma et données simulées

La présentation prendra la forme de 20 minutes d'oral avec transparents. Le code de vos expériences et les transparents seront rendus. La notre sera donc un mélange d'appréciation de la présentation orale, du code et des transparents.

spike-in.rdata